Ban Quản lý Khu Công nghệ cao Hòa Lạc là cơ quan trực thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với Khu Công nghệ cao Hòa Lạc. Ban Quản lý là cơ quan tương đương Tổng cục, là đơn vị dự toán cấp I, là đầu mối được giao chỉ tiêu kế hoạch hằng năm và được cấp kinh phí hoạt động từ ngân sách nhà nước.

Thủ tướng Chính phủ vừa quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý Khu công nghệ cao Hòa Lạc tại Quyết định số 98/2009/QĐ-TTg, có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15-9-2009.

Ban Quản lý thực hiện 24 nhiệm vụ, quyền hạn, trong đó có các nhiệm vụ, quyền hạn đặc thù như: Xây dựng, trình Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ để trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ quy hoạch, kế hoạch phát triển hằng năm, 5 năm và dài hạn đối với Khu Công nghệ cao; cơ chế thu hút, chính sách đãi ngộ đặc biệt đối với cán bộ và người lao động làm việc tại Ban Quản lý; trình cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định về khung và mức giá, phí, lệ phí tại Khu Công nghệ cao theo quy định.

Ban quản lý có quyền cấp, điều chỉnh, thu hồi các chứng chỉ quy hoạch xây dựng đối với các dự án đầu tư tại Khu Công nghệ cao; là chủ đầu tư các công trình đầu tư bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước được giao quản lý; là đầu mối tiếp nhận và quản lý việc sử dụng vốn ODA để xây dựng hạ tầng kỹ thuật Khu Công nghệ cao; cấp, cấp lại, điều chỉnh, gia hạn, thu hồi giấy chứng nhận, giấy phép và giấy chứng chỉ như giấy chứng nhận đầu tư, giấy phép thành lập văn phòng đại diện thương mại, giấy phép xây dựng công trình...

Về quản lý và sử dụng đất đai, Ban Quản lý phối hợp với chính quyền địa phương và các cơ quan có liên quan tổ chức thực hiện việc đền bù, giải phóng mặt bằng tại Khu Công nghệ cao; tổ chức đấu giá quyền sử dụng đất, đấu thầu dự án có sử dụng đất đối với các dự án đầu tư thuộc diện đấu thầu, đấu giá tại Khu Công nghệ cao.

Về cơ cấu tổ chức, Ban Quản lý có 4 tổ chức hành chính giúp Trưởng Ban Quản lý thực hiện chức năng quản lý nhà nước; 4 đơn vị sự nghiệp trực thuộc Ban Quản lý (Trung tâm Đào tạo, Trung tâm Dịch vụ tổng hợp, Trung tâm Ươm tạo Doanh nghiệp công nghệ cao; Ban Quản lý các Dự án và khai thác hạ tầng).