Theo Tờ trình của Chính phủ, sau hơn 12 năm thực hiện Luật tổ chức Chính phủ năm 2001, Chính phủ đã tập trung quản lý, điều hành vĩ mô trên các mặt của đời sống kinh tế - xã hội; từng bước xóa bỏ cơ chế chủ quản của các bộ đối với doanh nghiệp; tách chức năng quản lý nhà nước với chức năng cung cấp dịch vụ công của các bộ, cơ quan ngang bộ; triển khai thực hiện chủ trương xã hội hóa các hoạt động sự nghiệp phù hợp với sự phát triển kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa. Đặc biệt, trách nhiệm của Thủ tướng Chính phủ, các bộ trưởng trong hoạt động điều hành, quản lý nhà nước được đề cao.

Tuy nhiên, Luật Tổ chức Chính phủ năm 2001 đã cho thấy một số hạn chế bất cập như địa vị pháp lý của Chính phủ trong thực hiện quyền lực nhà nước chưa được xác định một cách đầy đủ, nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ còn bị hạn chế. Mối quan hệ giữa Chính phủ với chính quyền địa phương chưa được xác định cụ thể, chưa có sự gắn bó chặt chẽ.

Tán thành với những đánh giá trên, Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng sửa đổi Luật Tổ chức Chính phủ là cần thiết nhằm kịp thời thể chế hóa quy định và tinh thần của Hiến pháp mới, bảo đảm tính đồng bộ của việc điều chỉnh chức năng, nhiệm vụ của các thiết chế trong bộ máy nhà nước nói chung và Chính phủ nói riêng; đồng thời khắc phục những hạn chế, bất cập trong tổ chức và hoạt động của Chính phủ hiện nay.

Tuy nhiên, theo Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật Phan Trung Lý, trong thời đại toàn cầu hóa và hội nhập quốc tế sâu rộng hiện nay, Chính phủ, với tư cách cơ quan thực hiện quyền hành pháp cần phải làm tốt chức năng kiến tạo phát triển, hoạch định chính sách nhằm xây dựng khuôn khổ thể chế phù hợp và tạo điều kiện cần thiết để phát huy năng lực và sức sáng tạo của nhân dân; xây dựng bộ máy hành chính nhà nước tinh gọn, hiệu lực, hiệu quả.

Do đó, cần bổ sung quan điểm xây dựng một Chính phủ năng động, chủ động, kiến tạo phát triển, gọn về tổ chức, hiệu quả về hoạt động, đủ tầm giải quyết các nhiệm vụ xây dựng nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa, phát triển nền kinh tế thị trường, hội nhập và hợp tác quốc tế.

Cho rằng các nội dung thể hiện trong dự thảo Luật về cơ bản vẫn kế thừa cách tiếp cận trong Luật hiện hành mà chưa đưa ra được những nội dung mới thực sự mang tính đột phá, Ủy ban Pháp luật đề nghị rà soát nội dung dự thảo Luật bám sát với các mục tiêu, quan điểm nêu trên để thể chế hóa được đầy đủ và chính xác quy định và tinh thần của Hiến pháp về phân công, phối hợp trong việc thực hiện quyền lực nhà nước, về chức năng, nhiệm vụ của Chính phủ với tư cách là cơ quan hành chính nhà nước cao nhất, thực hiện quyền hành pháp và là cơ quan chấp hành của Quốc hội.

Cũng liên quan đến nội dung này, Chủ nhiệm Ủy ban Về các vấn đề xã hội của Quốc hội Trương Thị Mai đề nghị Luật phải tiếp tục làm rõ Điều 94 của Hiến pháp ở 3 khía cạnh: Chính phủ là cơ quan hành chính cao nhất, là cơ quan thực hiện quyền hành pháp và là cơ quan chấp hành của Quốc hội.

Chủ nhiệm Ủy ban Về các vấn đề xã hội của Quốc hội Trương Thị Mai đề nghị làm rõ cả góc độ lý luận và thực tiễn của các quy định này trong Hiến pháp 2013.

Các ý kiến trong Thường vụ Quốc hội cho rằng cần xác định đầy đủ các nguyên tắc tổ chức và hoạt động của Chính phủ. Phó Chủ tịch Quốc hội Huỳnh Ngọc Sơn đặt vấn đề: Hiến pháp và Luật Tổ chức Quốc hội có quy định Quốc hội bỏ phiếu tín nhiệm đối với các chức danh do Quốc hội bầu, phê chuẩn, với những người có tín nhiệm thấp, có cần thêm cơ chế từ chức không?

Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Sinh Hùng và Phó Chủ tịch Quốc hội Huỳnh Ngọc Sơn cho rằng dự án Luật Tổ chức Chính phủ (sửa đổi) đã nêu khá rõ quyền hạn của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và các Phó Thủ tướng nhưng lại không nêu rõ trách nhiệm trong việc triển khai thi hành Hiến pháp.

Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Sinh Hùng đề nghị làm rõ vai trò của Chính phủ trong việc bảo hiến và trách nhiệm thực hiện Hiến pháp cũng như quan hệ hai chiều với Chủ tịch nước…

Theo Chủ nhiệm Ủy ban Về các vấn đề xã hội của Quốc hội Trương Thị Mai, 4 tồn tại trong thực thi Luật tổ chức Chính phủ 2001 đã được đề cập rất rõ nét trong Tờ trình, cần tiếp tục nghiên cứu giải quyết các tồn tại đó bằng những quy định cụ thể. Luật có nêu quan điểm tổ chức bộ quản lý đa ngành, đa lĩnh vực một cách hợp lý, điều này cần tiếp tục làm rõ, đưa ra tiêu chí một bộ đa ngành, đa lĩnh vực.

Đi vào vấn đề cụ thể, Chủ nhiệm Ủy ban Về các vấn đề xã hội của Quốc hội Trương Thị Mai cho rằng: Điều 3 dự án Luật quy định tổ chức của Chính phủ, bao gồm các bộ, cơ quan ngang bộ, trong khi Ủy ban Pháp luật thẩm tra lại dẫn Điều 95 của Hiến pháp “Chính phủ gồm: Thủ tướng Chính phủ, các Phó Thủ tướng Chính phủ, các Bộ trưởng và Thủ trưởng cơ quan ngang bộ”, cần hài hòa hai ý kiến trên tại Điều 3 để tổ chức Chính phủ hoàn thiện hơn.

Chủ nhiệm Ủy ban Về các vấn đề xã hội của Quốc hội Trương Thị Mai cũng đề nghị sửa đổi, sắp xếp lại các Điều 13, 14 cho hợp lý. Điều 57 của Hiến pháp đã ghi nhận Nhà nước bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của người lao động, người sử dụng lao động và tạo điều kiện xây dựng quan hệ lao động tiến bộ, hài hòa và ổn định, nhưng Luật lại chưa thể hiện được nội dung này. Nhiệm vụ của Chính phủ được quy định tại các Điều 58, 59 của Hiến pháp cũng chưa được thể hiện đầy đủ trong Luật sửa đổi.

Khẳng định Luật phải có phạm vi điều chỉnh, nhưng trong Luật này lại không quy định phạm vi điều chỉnh. Chủ nhiệm Ủy ban Tư pháp Nguyễn Văn Hiện đề nghị xác định phạm vi điều chỉnh trong luật và làm rõ thế nào là cơ quan hành pháp, cần thể hiện Chính phủ là cơ quan chấp hành của Quốc hội đồng thời, ông Nguyễn Văn Hiện cũng cho rằng, cách thể hiện việc kiểm soát quyền lực giữa Chính phủ với Quốc hội, Tòa án, Viện Kiểm sát… chưa rõ, việc phân định thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ, phó thủ tướng, bộ trưởng, trưởng ngành; thẩm quyền giữa Chính phủ và chính quyền địa phương phải rành mạch, trách nhiệm phải rõ.

Cho rằng Luật chưa có sự đột phá, một số điều luật còn phản ánh nguyên văn Hiến pháp mà chưa cụ thể hóa, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính - Ngân sách Phùng Quốc Hiển đề nghị đưa ra nguyên tắc, tiêu chuẩn thành lập cấp bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan trực thuộc Chính phủ; cần quy định một bộ có bao nhiêu thứ trưởng để tránh tình trạng có quá nhiều Thứ trưởng, khắc phục tồn tại hạn chế trước đây./.