Việc xử lý trách nhiệm người đứng đầu cơ quan có sai phạm mà KTNN kiến nghị, trong hầu hết các văn bản trả lời, các bộ, ngành địa phương đều cho biết đã và đang xử lý, chưa có kết quả xử lý cụ thể cá nhân người đứng đầu có sai phạm. Một vấn đề đặt ra là, hiện nay quy chế quy định trách nhiệm cá nhân ở nước ta chưa đầy đủ. Hơn nữa, chỉ một mình cơ quan KTNN làm chưa đủ, bởi cơ quan này chỉ có nhiệm vụ phát hiện sai phạm, còn kết luận rõ ràng và xử lý về trách nhiệm từng cá nhân thì phải có sự tham gia của cơ quan điều tra, thanh tra. Việc quy định trách nhiệm về kinh tế đối với lãnh đạo Bộ, ngành địa phương trong một nhiệm kỳ cũng là vấn đề mới, chỉ mới được đề cập đến trong Chiến lược phát triển KTNN đến năm 2020, đang được soạn thảo.

Năm 2009 sẽ có 28 tổng công ty nằm trong danh sách phải kiểm tra về các hoạt động quản lý tài sản và vốn nhà nước. Trong số này có Vietnam Airlines và Tổng công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn Nhà nước (SCIC). Đây là năm đầu tiên KTNN tiến hành kiểm toán SCIC. Ngoài ra, một số đơn vị lớn như Tổng công ty Cà phê Việt Nam, Ngân hàng Công thương Việt Nam, Ngân hàng Phát triển Việt Nam, Ngân hàng Thương mại cổ phần Ngoại thương Việt Nam... cũng thuộc diện kiểm toán năm nay. Riêng Xí nghiệp Liên doanh Vietsovpetro, KTNN đã phối hợp với Cơ quan Kiểm toán Liên bang Nga thực hiện xong và cùng ký báo cáo kết quả chung. Điểm đáng lưu ý, KTNN sẽ tiến hành kiểm toán báo cáo tài chính năm 2008 của Tổng công ty Viễn thông quân đội (Viettel).

Ngoài các dự án chuyển tiếp từ năm 2008 như Dự án đầu tư xây dựng cầu Vĩnh Tuy và tuyến đường 2 đầu cầu, Dự án đầu tư và xây dựng Đường 5 kéo dài, Dự án đầu tư xây dựng công trình thoát nước...; trong năm 2009, 18 công trình dự án trọng điểm khác cũng sẽ lần lượt được kiểm toán. Trong đó có dự án cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương; Dự án xây dựng Nhà ga Quốc tế Sân bay Tân Sơn Nhất; Dự án nâng cấp cải tạo Quốc lộ 3; Dự án đường dây 500kV Pleiku - Phú Lâm; Dự án Nhà máy Xi măng Hải Phòng...

Năm 2009, Kiểm toán Nhà nước sẽ chú trọng kiểm toán các vấn đề liên quan đến chính sách tài khoá, tiền tệ, đặc biệt là 8 nhóm giải pháp chống lạm phát Chính phủ thực hiện năm 2008. Ngoài ra, việc quản lý và sử dụng vốn, chấp hành luật, thủ tục của các chương trình trọng điểm, mục tiêu quốc gia cũng được chú ý. Những đơn vị sử dụng ngân sách lớn là mục tiêu chính của kiểm toán năm nay. Kế hoạch kiểm toán sẽ tập trung vào 4 nội dung chính: Lĩnh vực ngân sách nhà nước; đầu tư xây dựng cơ bản và chương trình mục tiêu quốc gia; doanh nghiệp và tổ chức tài chính- ngân hàng; kiểm toán theo chuyên đề./.