Hội nghị toàn quốc lần thứ ba của Đảng họp tại Việt Bắc từ ngày 21-1-1950 đến ngày 3-2-1950, trên cơ sở đánh giá trình độ lý luận và ý thức chính trị của cán bộ, đảng viên chưa tiến kịp những nhiệm vụ mỗi ngày một nặng, đã quyết định đẩy mạnh việc học tập chủ nghĩa Mác - Lê-nin và đấu tranh tư tưởng. Để góp phần tiến hành tốt nhiệm vụ đó, hội nghị đã quyết định "ra một tạp chí lý luận thay cho tờ Sinh hoạt nội bộ". Sau khi quyết định đó được Trung ương Đảng thông qua, Tạp chí Cộng sản ra số 1 vào tháng 7-1950, mang tiêu đề "Cơ quan trung ương huấn luyện lý luận và công tác của Đảng", do đồng chí Trường Chinh làm chủ nhiệm.

Tạp chí Cộng sản ra hàng tháng, in typô, khổ giấy 16x24 cm. Cũng như Sinh hoạt nội bộ, trên bìa Tạp chí Cộng sản có ghi : "Báo này chỉ lưu hành trong Đảng". Chủ nhiệm tạp chí là đồng chí Trường Chinh. Trong Lời nói đầu đăng số 1, có đoạn nêu rõ mục đích của tạp chí "là góp phần vào việc giáo dục tư tưởng Mác - Lê-nin, nâng cao trình độ lý luận và công tác của cán bộ và của đảng viên toàn Đảng, đặc biệt là cho cán bộ trung cấp. Nó có nhiệm vụ giải thích đường lối, chủ trương của Đảng, đem chủ nghĩa Mác - Lê-nin soi sáng các vấn đề cách mạng Đông Dương và các vấn đề quốc tế. Nó là nơi để các cán bộ đảng viên trao đổi ý kiến, tranh luận về các vấn đề lớn thuộc chính sách của Đảng và lý luận cách mạng, dưới sự điều khiển và hướng dẫn của Trung ương. Nó dùng phương pháp phê bình và tự phê bình đấu tranh chống những tư tưởng và lý luận sai lầm, những chủ trương và hành động trái với đường lối Mác - Lê-nin của Đảng. Nó phổ biến những kinh nghiệm vận động cách mạng lớn của Đảng ta và các Đảng anh em. Nó hướng dẫn việc học tập trong Đảng, thông tin tức lớn về sinh hoạt nội bộ Đảng v.v..".

Về cơ cấu lãnh đạo, đồng chí Trường Chinh làm chủ nhiệm tạp chí, đồng chí Trần Quang Huy là thư ký tòa soạn. Hồi còn Tạp chí Sinh hoạt nội bộ, đồng chí Trường Chinh là người phụ trách chính, không những phải viết bài mà còn phải trực tiếp duyệt nhiều bài. Đối với Tạp chí Cộng sản, với chức danh chủ nhiệm, đồng chí Trường Chinh chịu trách nhiệm về đường lối chính trị, thông qua kế hoạch từng số và duyệt bài xã luận. Mọi việc điều hành cụ thể về hoạt động biên tập của tạp chí, như tổ chức bài, chữa bài, duyệt bài, v.v.. được giao cho đồng chí Trần Quang Huy. (Hồi đó, trong hệ thống báo chí của Đảng, chưa dùng chức danh "Tổng biên tập", mà dùng chức danh "Thư ký tòa soạn" ; chức danh này có trách nhiệm và quyền hạn như Tổng biên tập). Tuy vậy, đồng chí Trường Chinh vẫn viết nhiều bài cho tạp chí, Hàng tháng, đồng chí còn cho ý kiến rút kinh nghiệm về số vừa qua, và chuẩn bị nội dung số tới.

Việc in ấn Tạp chí Cộng sản vẫn theo nếp của Sinh hoạt nội bộ, vẫn in ở nhà in Hồng Phong. Những người và những tổ chức trước đây đã gửi tiền mua dài hạn Sinh hoạt nội bộ thì nay được gửi Tạp chí Cộng sản thay cho Sinh hoạt nội bộ. Việc phát hành cũng vẫn tổ chức như trước, nghĩa là Ban phát hành sách báo các Liên khu ủy gửi tạp chí tới các đảng bộ địa phương. Các cán bộ thuộc các cơ quan trung ương và các chi bộ trực thuộc Trung ương đều có thể đặt tiền mua thẳng với Ban trị sự Tạp chí Cộng sản do đồng chí Lê Đăng Ninh làm quản lý.

Tạp chí Cộng sản chỉ ra được hai số (số 1, tháng 7-1950 và số 2, tháng 8-1950). Ở số 2, trang 66, có đóng khung lời thông báo cho bạn đọc như sau : "Số báo này đang in thì chúng tôi tiếp được tin : vì lý do chuyên môn, Trung ương quyết định tạm đình bản tờ Tạp chí Cộng sản cho đến khi có quyết định mới".

Đồng chí Trần Quang Huy đã kể lại rằng, sở dĩ phải đình bản Tạp chí Cộng sản vì công tác chung của Đảng lúc đó đặc biệt khẩn trương. Trung ương Đảng vừa phải lo công việc kháng chiến dồn dập (ta đang chuẩn bị chiến dịch Biên giới), vừa phải lo chuẩn bị Đại hội lần thứ II của Đảng. Nhiều cán bộ lãnh đạo và cán bộ lý luận của Đảng bị cuốn hút vào những nhiệm vụ lớn đó. Bản thân đồng chí Trần Quang Huy cũng được điều động tham gia việc biên tập các văn kiện chuẩn bị cho Đại hội. Do thiếu người phụ trách, thiếu người viết, nên tạp chí phải tạm thời đình bản.

Về mặt nội dung, tuy chỉ ra được hai số, Tạp chí Cộng sản cũng đã đề cập nhiều vấn đề phong phú. Trước hết, đó là những vấn đề nóng hổi của cuộc kháng chiến lúc bấy giờ. Có thể kể các bài : "Hoàn thành nhiệm vụ, chuyển mạnh sang tổng phản công" (số 1, tháng 7-1950) ; "Chúng ta đã làm gì và còn phải làm gì để chuyển sang giai đoạn mới ?" (số 2, tháng 8-1950), v.v.. Trong nội dung các bài đó đều có phần phân tích, phê phán những nhận thức sai lệch về tổng phản công như cho rằng tổng phản công là phản công đều một lượt trên khắp các chiến trường, hoặc là đánh ào một trận quyết phân thắng bại chỉ trong dăm mười hôm là xong, v.v.. Đồng thời cũng phê phán các khuynh hướng không đúng về thời cuộc kháng chiến lúc bấy giờ, như khuynh hướng lạc quan tếu, ỷ lại vào sự giúp đỡ của các nước bạn, "tả" khuynh phiêu lưu, và khuynh hướng bi quan, cho rằng vì Pháp được Mỹ viện trợ, ta khó lòng đánh bại được chúng, v.v.. Bài "Chống thực dân Pháp và bọn can thiệp Mỹ" (số 2) đã trình bày và phân tích rõ chính sách can thiệp của đế quốc Mỹ ở Đông Dương, nhằm thuyết minh nhận định quan trọng trong Chỉ thị của Thường vụ Trung ương Đảng ngày 1-7-1950 : "Không tích cực chống bọn can thiệp Mỹ thì không thể hoàn toàn tiêu diệt thực dân Pháp xâm lược. Trái lại, không kiên quyết chống thực dân Pháp xâm lược thì không thể phá tan chính sách can thiệp của đế quốc Mỹ ở Đông Dương".

Hội nghị toàn quốc lần thứ 3 của Đảng đã có phần "tự chỉ trích nghiêm khắc những thiếu sót về công tác xây dựng chính quyền và Nhà nước cộng hòa dân chủ nhân dân". Để uốn nắn những nhận thức, tư tưởng không đúng về nhà nước nhằm nhanh chóng khắc phục những thiếu sót trong việc xây dựng chính quyền, đồng chí Phạm Văn Đồng đã viết bài "Nhà nước và Nhà nước cộng hòa dân chủ nhân dân Việt Nam" đăng liền trên số 1 và số 2.

Tạp chí Cộng sản cũng dành nhiều bài bàn về việc học tập chủ nghĩa Mác - Lê-nin, về sửa chữa tư tưởng. Tạp chí đã đăng bài nói của Chủ tịch Hồ Chí Minh, bài "Học tập chủ nghĩa Mác - Lê-nin và đấu tranh tư tưởng để chiến thắng" của đồng chí Trường Chinh tại Hội nghị huấn luyện toàn quốc lần thứ nhất, ngày 6-5-1950 và bài "Sửa chữa tư tưởng" của đồng chí Nguyễn Chí Thanh (số 1 và số 2).

Tạp chí cũng đã đăng báo cáo của đồng chí Trường Chinh ở phiên họp mở rộng của Ban kinh tế Trung ương (ngày 5, 6, 7 tháng 7-1950) với nhan đề "Chính sách của Đảng ở nông thôn" (số 2).

Ngoài các bài chuyên luận về các vấn đề trọng yếu trong nước, Tạp chí Cộng sản còn có bài về các vấn đề quốc tế, chẳng hạn : "Nguy cơ chiến tranh mới và cuộc chiến đấu cho hòa bình thế giới" (số 1) ; "Để hiểu vấn đề Triều Tiên" (số 2) và một số bài dịch từ các báo nước ngoài : "Công tác tư tưởng của đảng cộng sản và công nhân" (số 1) ; "Chiến lược Xtalin và chủ nghĩa Mác - Lê-nin" (số 2), v.v..

Cuối mỗi số tạp chí có mục "Tin sinh hoạt nội bộ", đưa tin về các hoạt động xây dựng Đảng của liên khu, của tỉnh; mục "Tin thế giới" và mục "Tin trong nước". Cách viết các mục này ngắn, gọn, nhằm thông tin được nhanh và nhiều các sự kiện trong tháng.

So với Sinh hoạt nội bộ thì Tạp chí Cộng sản đi vào lý luận nhiều hơn. Nó cũng làm nhiệm vụ hướng dẫn công tác, hướng dẫn chính sách như Sinh hoạt nội bộ, nhưng ở mức cao hơn. Nếu Sinh hoạt nội bộ coi việc hướng dẫn công tác là chính thì Tạp chí Cộng sản vừa coi trọng việc hướng dẫn công tác, vừa coi trọng bồi dưỡng lý luận, qua hướng dẫn công tác mà bồi dưỡng lý luận. Các vấn đề đề cập trên Tạp chí Cộng sản cũng có tính khái quát cao hơn. Tạp chí Cộng sản đã thể hiện được rõ nét việc vận dụng lý luận Mác - Lê-nin nhằm giải quyết những vấn đề cụ thể của cách mạng Việt Nam.

Đại hội lần thứ II của Đảng, họp từ ngày 11 đến ngày 19 tháng 2-1951 đã nghe Báo cáo chính trị của Chủ tịch Hồ Chí Minh, báo cáo Bàn về cách mạng Việt Nam của đồng chí Trường Chinh, thông qua Tuyên ngôn, Chính cương và Điều lệ của Đảng. Đại hội đã quyết định đưa Đảng ra công khai, lấy tên là Đảng Lao động Việt Nam. Sau Đại hội Đảng, cuộc kháng chiến càng phát triển mạnh mẽ. Mọi mặt hoạt động của Đảng càng dồn dập, khẩn trương. Đảng ta tập trung sức vào việc ra tờ báo Nhân dân, cơ quan trung ương của Đảng, nên tạm thời ngừng việc xuất bản tạp chí lý luận.