Việc triển khai chính thức thủ tục hải quan điện tử sẽ theo lộ trình: Từ 02-01-2013 thực hiện tại Cục Hải quan Hải Phòng. Từ 8-1 đến 31-1-2013 tại các Cục Hải quan tỉnh, thành phố đã triển khai thí điểm thủ tục hải quan điện tử. Từ 8-1-2013: tại 13 Cục hải quan tỉnh, thành phố chưa triển khai thí điểm sẽ chủ động chuẩn bị các điều kiện để triển khai khi sẵn sàng. Các nội dung khi triển khai chính thức thủ tục hải quan điện tử sẽ kế thừa toàn bộ nội dung trong giai đoạn thí điểm như: đối tượng áp dụng là tất cả các tổ chức, cá nhân xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa; loại hình xuất, nhập khẩu thực hiện gồm 3 loại hình chính là hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo hợp đồng mua bán, gia công, sản xuất hàng xuất khẩu và 6 loại hình khác. Nội dung điện tử hóa gồm khai báo và tiếp nhận thông tin 24 giờ trong ngày và 7 ngày/tuần…

Ngoài ra, khi áp dụng chính thức, người khai thủ tục hải quan điện tử phải sử dụng chữ ký số và các đơn vị áp dụng phải đáp ứng được điều kiện về công nghệ thông tin.

Triển khai chính thức thủ tục hải quan điện tử giúp các tổ chức thực hiện các công việc liên quan đến hải quan tiết kiệm được thời gian, giảm thủ tục và giảm chi phí. Các khâu nhận, kiểm tra, đăng ký phân luồng tờ khai hải quan điện tử được tự động hóa thông qua hệ thống xử lý dữ liệu hải quan. Việc tự động hóa các khâu này giúp cơ quan hải quan tăng hiệu quả làm việc, giảm thiểu các tiêu cực xảy ra, đồng thời đảm bảo tính minh bạch của các thủ tục hành chính. Đối với cộng đồng doanh nghiệp, các đơn vị sẽ tiết kiệm được thời gian và chi phí chuẩn bị hồ sơ, giấy tờ do không phải đi trực tiếp đến cơ quan hải quan để khai báo. Ước tính, khi sử dụng thủ tục hải quan điện tử, mỗi năm tổ chức, cá nhân sẽ tiết kiệm được khoảng 20% chi phí. Đối với các cơ quan, tổ chức và xã hội, việc thực hiện thủ tục này tạo động lực cho các cơ quan bộ, ngành đẩy nhanh tốc độ cải cách, hiện đại hóa, điện tử hóa thủ tục hành chính trong lĩnh vực quản lý được Chính phủ giao; giúp hình thành môi trường thương mại điện tử…

Trước đó, việc triển khai thí điểm thủ tục hải quan điện tử chia thành hai giai đoạn. Giai đoạn 1 từ tháng 10-2005 - 11-2009 tại Chi cục Hải quan điện tử - Cục Hải quan thành phố Hải Phòng và Chi cục Hải quan điện tử thành phố Hồ Chí Minh. Giai đoạn 2 từ năm 2009 đến hết năm 2012, triển khai tại 13 Cục hải quan tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương./.